色谱填充柱一般分为填充柱和毛细管柱，填充柱适合常规样品的定量分析，尤其是高纯度的样品；毛细管柱适合分离组成比较复杂或微量样品以及残留分析等。目前来说，在常规样品和高纯样品的定量分析时，经常使用的还是填充柱。
制备色谱填充柱操作步骤：
1）把空柱竖直架在滴定架上，两端向上，夹紧。
2）色谱柱有两种，一种是两端一样长的，另一种是两端一长一短的，两端一样长的在填充时不分方向，而两端一长一短的则有方向性，长的一端接进样口，短的一端接检测器；装柱前要将小三角漏斗接在进样口的一端；用10cm长的软橡胶管将柱和漏斗套在一起，注意要套得紧一些，以免加入载体时会外泄。
3）将玻璃棉捏成2cm长的一条（不用捏的太小），塞入空柱接检测器一端，深度为5-10cm。
4）把约50cm长的硅橡胶管（普通橡胶管也行，但效果略差）一头接在抽气机上（套上一层纱布以防止填料被抽入抽气机内），另一头挡在空柱接检测器一端。
5）在小漏斗里加入少许填料（1-2mL），用橡胶棒轻轻敲击空柱使载体落入柱管中，开动抽气机1-2s再关闭，使这少许载体快速到达玻璃棉部位并形成有效阻塞。
6）一边持续开动抽气机，一边在漏斗里加入填料，并慢慢敲击色谱填充柱的不同位置，使填料尽量紧密；基本填满时仔细敲击柱，填料紧缩一点就再加入一点，直至再无法紧密为止；如果是玻璃珠，zui后填满的位置可以和检测器端的玻璃棉位置相平，如果是不锈钢柱，则两端都填满至端口。
7）拔掉进样口端的小漏斗，加入一条玻璃棉，塞紧。
8）如果是玻璃柱，要先在两端各套上一个胶圈，防止螺母落下时打碎柱。
9）在柱上做标记后（推荐挂金属小牌），装入柱温箱中老化。
注意事项：如果是玻璃柱，在操作中要小心折断。但是玻璃柱由于是透明的，可以看到填充效果；不锈钢柱虽然不会折断，可是在填充时看不到效果，只能凭经验填满为止。涂固定液时应当注意涂渍均匀，要经常搅动溶液但要轻巧，不要损坏载体。老化时要注意保持低的载气流速，逐渐升温，老化要充分，这样才能达到较好的柱效。
色谱填充柱通常简称填充柱，在实际分析工作中的应用非常普遍。据资料统计，日常色谱分析工作大约有80%是采用填充柱完成的。色谱填充柱在分离效能和分析速度方面比毛细管柱差，但填充柱的制备方法比较简单，定量分析的准确度较高，特别是在某些分析领域（例如气体分析、痕量水分析）具有*用途。从发展上看，虽然毛细管柱有逐步取代填充柱的趋势（例如已有一些日常分析使用PLOT柱代替过去常用的气固色谱填充柱），但至少在目前一段时期内，色谱填充柱在日常分析中仍是一种十分有价值的分析分离手段。
